scihub

　　Sci-Hub是居家旅行学术必备的神器，毕竟穷人比较多，而出版社太黑心。但Sci-Hub有一个问题是镜像站经常挂，我之前给出了一个比较可能不会挂的链接，《再不用担心打不开sci-hub了》，那就是洋葱链接。当然洋葱链接比较慢，我们还是更倾向于使用普通的链接，所以我又收集了《2018最新可用的sci-hub镜像+桌面版程序》，当然这些链接随着时间的推移，有些可能也会挂。

　　任何时候，我们都应该有多手准备，所以我一直都有备选方案，虽然不如sci-hub推荐阅读：文献检索？虽然现在sci-hub还能用的情况下首先还是sci-hub，但收藏一两个备选工具是必要的，它让你在面前变化的时候可以淡定。《sci-hub如果挂了，你还有神器下文献吗？》这篇文章介绍的神器即使你现在不用，也该收藏着。

　　为了方便苹果用户也能用桌面软件下文献，我把SciHub桌面版打包成可以运行在苹果上的App。

　　安装很容易，我已经打包了dmg文件，这个文件有44M，还挺大的，没法，要打包一个windows的运行环境嘛。

　　之前的《如何获取文献》介绍了方方面面，不单单是文献，而对于文献，scihub必须是首选，虽然我们有备选方案《sci-hub如果挂了，你还有神器下文献吗？》，但总是没scihub爽，之前介绍了用洋葱链接，《》，在写这篇文章的时候，我还测试了一下，现在依然可用！

　　目前挂掉的scihub镜像已经很多，导致很多人认为scihub没法用了，其实还有很多的镜像是可以用的，当然能用的，以后也可能会挂，但新的镜像我相信还是会不断出现的，大家且行且珍惜吧。

　　之前有写过读文献的文章，也介绍了如何获取文献，那是我还在读硕士的时候写的，覆盖了找文献、文献管理、文献、订阅期刊等方方面面，说到下文献，最大的神器当然是sci-hub，但是sci-hub的域名 sci-hub.bz, sci-hub.io纷纷都沦陷，最近国内有一神器geenmedical，整合了影响因子、引用数等指标，然而这一神器的下文献功能只是提供外链，有一种说法是geenmedical=pubmed+scihub，当然geenmedical的资源还可能来自于学术、researchGate等，不都是来自于sci-hub，然而我们必须承认的是最大的文献提供来源必须还得是sci-hub，所以如果sci-hub挂了，基于sci-hub的神器也就神奇不起来了。如果有人跟你说忘记sci-hub吧，用geenmedical，那绝对是标题党！这里并没有说geenmedical不好，它整合了多方面的资源并且本地化得非常好，很适合国内使用。

　　比如我在geenmedical里搜clusterProfiler，给出的链接第一个就是sci-hub的：，然而这个链接是不可用的！当然它给出了比如学术的链接是可以到文献的。然而还是那句话，论「海盗精神」我只服sci-hub，虽然我之前也介绍了《sci-hub如果挂了，你还有神器下文献吗？》，但任何下文献的神器，在sci-hub面前都是渣渣。

　　《潮博沙龙》系受到潮博群里大家的邀请，应邀去普及一下生信以及介绍自己的一些经历。

　　中国R语言大会，我到目前为止，只参加过2016年那一次，也就是第9届，那也是首次有Bioconductor分会，并且还邀请了bioconductor的老大martin morgan，我当时也是受邀请去参会的，虽然会议在人民大学举行，虽然主会场和其它分会场都是讲中文，但bioconductor分会场是要求讲英文的。因为主讲人一半是歪果仁，一半是中国人，而3个中国人之中又有两个是美帝来的，只有我一土鳖。本来邀请人跟我提了一下ChIPseeker，暗示可以讲这个包，但我强行去讲ggtree，然后会后，很多听众问我clusterProfiler的问题，也是挺尬聊的。

　　当年我准备考博的时候，健康院某PI（本来的意向导师）找我帮他在iMac上安装盗版的Papers（文献管理器）和Illustrator（PS的兄弟），安装后，跟我说：“我们做科研的，最重要的软件就是Papers和Illustrator。”，当然后来感觉挺坑我，就放弃了。

　　这么多年过去了，至今这两个软件我都没用过！我画图，追求的是全部由代码产生，至今还没有修图的需求，也就没有试过Illustrator了。

　　Illustrator必须有些门槛，而且关键是Adobe绑死在PDF上，实际上如果80%的问题都可以用PowerPoint解决，剩下那20%，反正也不常用。而PowerPoint的优点是没有门槛，傻瓜式操作，像我这种怀疑自己智商的人，都会用啊！

　　在《R-3.6 set.seed》和《欧式距离如何应对缺失值？》中暴露了biobabble作者群，今天就来揭秘一下。

　　凡是给本公众号投过稿，或者是被我约过稿的，都会被我拉入群，目前在群里有8个小伙伴，分别是有原创文章发表在biobabble公众号的，其中有介绍自己的软件工具的，包括scihub_ck，csvtk，bioView,basicTrendline等优秀作品，首次在公众号平台上介绍。

　　在《一图告诉你venn plot和upset plot的关系》一文中，我们应该很清楚这两者的关系，upset plot是更清晰的呈现方式，而且能够支持无数多个分类，在《转UpSet图为ggplot?》一文中，又介绍了一个转化UpSetR输出为ggplot2便于嵌图和拼图的方法，但这个需要一个补丁，然后我提交的这个补丁，一直没有被作者接收。而且毕竟UpSetR是用grid写的，像grid这种高级货，玩起来还是有点难度，我一直在想应该有一个ggplot2版本的upset plot，最近就让我在gayhub上发现了。

　　你是否对《R包辣鸡之CorMut》之篇还有印象？没有的话，快点打开阅读一下，这文章让作者毕业了，毕竟发表的是一篇Bioinformatics。

　　《[连载3]：辣眼睛，一篇抄袭引发的系列血案！》，而这一篇文章中揭露了某讲师抄袭了两个R包，晋升副教授了！文章中还稍带了另外一个学生也是抄袭，当然也发表了SCI，也毕业了。

　　当然前面的事情是goseq干的，它的功能就是衔接了goseq的输出，让我们还看看它每一步都在做什么。

　　最近有一些考研失利的同学问我怎么申请香港的学校，其实我的经验并不多，因为我读博的时候，并没有想要去香港，在港大临近截止日期的时候，很突然地去申请，然后竟然中了。当然毕竟在港大也待了几年，要说经验，多少也是有一点的。

　　美帝的话，基本上可以说已经没机会了。要的话，再过一年，请赶早。欧洲还是有些机会的，因为欧洲读博就跟工作似的，有时候有funding了，打了广告，就招人了。只不过你要时刻去留意，而且不一定能让你撞上。

　　而港大（其它香港学校我不了解），每年招3轮学生，分别在12月、4月、8月，刚好如果你考研或考博之后，不管考得好不好，都可以试一下，给自己多一个选择，因为4月31号截止，时间不冲突，完全赶得上。

　　在《一个更好用的pheatmap》一文中介绍了pheatmap的新功能，它输出为一个pheatmap的对象，这个对象在终端上打出来，会出来图，你可以用ggplot2::ggsave()来保存图片，文章的结尾处卖了一个关子，就是用cowplot来拼，这个有许多人问过我，因为大家一般都认为cowplot只能用于ggplot2的输出，pheatmap感觉好像不太行，而且在很多人的感觉中，画图代码不是ggplot2写的，就是base写的，而pheatmap看上去就像是base一般，其实它是grid写的，我在下面两篇文章中都有示例代码，用于拼pheatmap，不过一般人看过了，也只是留下一点印象，终究还是记不住，因为涉及到grid的知识。

　　现在我们有一种你一定能记得住的方法了，以后再也不用问pheatmap怎么拼图了，首先pheatmap产生的是一个对象，然后这个对象我们可以用ggplot2给画出来，然后自然而然你能够用cowplot去拼，再熟悉不过了，如果这都不能理解记住，那我也没办法了。

　　我写过不少文章，都有提及提问的礼仪，会提问的人，比较容易得到帮助，而不会提问的人，理你才怪，比如说明明出错信息很明显，还给了你解决的提示而你却不看。举个例子现在需要编译的R包，如果缺少库文件，报错的话，一般会提示你Debian/Ubuntu系列apt安装什么包，Redhat系列yum安装什么，MacOS的话，brew安装什么，你按照提示装上再说，你不懂的话，你还不会把出错信息贴出来google一下吗？一般都有人解决了。 一个错误的示范

　　有一些软件做了检验之后，是不告诉你那些基因在某个富集的通路中，显然做为生物学家，是对此有兴趣的。clusterProfiler系列，全部函数都会输出，但看基因ID，比如ENTREZID或ENSEMBLE，这些都对人类不友好，看了你也不知道是什么，为了让大家看结果的时候，还能有点感觉，我们需要把基因翻译成symbol，有那么一批函数比如DO、GO、Reactome的分析都是有readable参数的，但有一些是没有这个参数的，我被问得最多的是KEGG的分析为什么没有！

　　首先GO为什么有？因为enrichGO和gseGO都是使用OrgDb，而OrgDb本身带有ID转换的注释，而KEGG是在线去检索KEGG数据库的，KEGG并没有提供这些信息，当然对于少量大家比较熟悉的模式生物，要支持还是很容易的，然而有些物种支持，有些不支持，大家又会问了，凭什么我做的物种被BS了。所以啊，大家都不支持，挺公平。其实KEGG数据库里那么多的生物，很多物种是没有基因名的，有很多生物的注释还停留在基因座，你让我帮你转ID，臣妾做不到啊。

　　但起码对能支持的物种支持一下呗，以我一贯的作风，能帮小白解决的小问题，我都会去解决。于是我们有setReadable函数。但凡你能找到一个OrgDb，你就能用来转ID，就这样。